Apesar de ser a área mais estudada, as questões que envolvem a poluição das águas ainda representam uma grande fonte de risco às empresas.
Trata-se de tema amplamente regulado na legislação, como cita a Resolução CONAMA 357/05 e muitas outras resoluções estaduais. O impacto do lançamento de efluentes recai diretamente sobre a saúde pública, pois muitos dependem dos mananciais superficiais e subterrâneos para o abastecimento de água, e muitas vezes estes mananciais já estão contaminados por atividades à sua montante.